细胞的基本功能与蛋白质之间的相互作用密不可分，蛋白质复合物就是通过这种相互作用形成的。因此，确定与新基因编码的蛋白质表达终产物相互作用的上游和下游蛋白质分子也是研究新基因功能的一个非常重要的方面。接下来莱德伯特（北京）生物科技有限公司将介绍基因编码产物相互作用蛋白的研究。

研究蛋白质相互作用的常用技术包括基于亲和分析的传统免疫沉淀法和近年来建立并广泛应用的酵母双杂交系统。

1、免疫沉淀技术

免疫沉淀法是基于抗体-抗原特异性相互作用研究蛋白质-蛋白质相互作用的经典方法。

其原理是利用标记抗体与融合蛋白携带的标记物之间的高亲和力来纯化和检测溶液中的目标分子。

该方法的优点是将蛋白质相互作用转化为接近环境条件的自然状态，可以反映机体的相互作用，并且可以分离出自然状态下的相互作用蛋白质复合物。然而，值得注意的是，有时免疫蛋白的共沉淀并不直接相互作用，而是间接相互作用，其敏感性相对较低。

2、酵母双杂交系统

酵母双杂交系统是基于转录重建研究生物大分子相互作用的一种简单有效的方法。

双杂交技术是基于某些转录因子的DNA结合结构和转录激活域。转录激活结构与DNA结合域结合，开始RNA聚合酶Ⅱ的组装，在TATA框架位置合成并开始转录过程。

结构域：蛋白质三级结构中结构和功能上独立的部分，如球形或纤维状结构，位于二级和三级结构之间。

激活域：与转录起始复合物接触并相互作用的转录因子的结构位点。

优点：使用克隆基因从特定细胞的cDNA表达文库中提取与其编码产物及其相应基因序列相互作用的蛋白质。它检测到的相互作用发生在体内，不需要额外的纯化步骤。

酵母双杂交系统的局限性：双杂交系统是一种分析细胞核内蛋白质相互作用的方法。许多蛋白质相互作用依赖于翻译后修饰和加工过程，如糖基化和二硫键的形成，而这不能在细胞核内进行。某些蛋白质的正确折叠和功能依赖于其他非酵母蛋白质的帮助，这在一定程度上限制了双杂交系统在某些细胞外蛋白质和膜受体蛋白质研究中的应用。

研究新基因的功能还没有一个完全固定不变的模式。目前，生物信息学分析已成为基因功能研究的新选择。它具有方便、经济的优点。研究人员往往可以获得与新基因功能相关的重要信息，推测基因可以发挥作用，然后进一步制定实验室研究计划，选择合适的方法进一步研究基因的功能。目前Beacon这款仪器具备了单细胞光导系统通过整合光电定位技术和微流控技术，实现了在芯片的纳升级小室中，基于单个细胞的高通量细胞生物学研究，对基因发现这方面有着重大的意义。

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